【環境變數】註釋掉conda3，source ~/.bashrc

因為orthofinder是由python2編寫的。

conda install orthofinder # 若在上一章之後沒有重啟的同學請重啟後操作。

# 由於是剛開始搭建，這裡沒有給orthofinder單獨一個環境空間，這一套下來，基本的基因分析軟體都安裝好了。

包括兩兩比對軟體：blast，diamond。# diamond快，且宣稱其方法和比對結果並不比blast遜色

包括多重比對軟體：mafft，muscle。 # muscle最快，mafft最準，這兩個軟體在多序列比對中宣稱排前二

包括建樹軟體：fasttree，raxml，iqtree。 # fasttree最快，raxml和iqtree較準

包括聚類軟體：mcl。# orthofinder套用的聚類軟體

包括其他重要的包和依賴。 # 一般生信分析都會涉及的依賴，很多都在這裡了，比幾年前友好多了。

如果一遍安不完所有的環境，沒關係，再來一次。

如果提示更新conda版本，請按提示操作。 

以上，

abyss

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