本次演示使用的資料來自2017年發表於Cell的頭頸鱗癌單細胞文章:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供處理好的測試資料,以及所有程式碼,一共6個指令碼(我目前寫得最詳細的教程,也是全網少有的)。
資料的預處理就不演示了,預處理的程式碼存放在0.pre.R
檔案中。
以下是腫瘤細胞tsne圖和原圖的對比,和原文一致,說明前面的資料提取及處理是沒有問題的。
最終的效果圖如下:
在準備好資料之後,就可以開始NMF分析了。
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