背景
在討論如何組織原始碼目錄之前，很有必要對現有web站點的組織結構進行測試，特別是2.2版本的API，在伺服器版本上是不同的，所以在2.2之後的版本中，所有的伺服器版本都要求能夠使用標準的壓縮web站點格式，這就是下面所要進行討論的。
一個web應用程式，就是一個標準格式的多個目錄和檔案的層次組織，這種層次組織，可以在非壓縮包到時候被訪問，每一個目錄和檔案，在檔案系統中都是單獨存在的，或者是在壓縮包環境下，比如一個.war檔案，非壓縮包格式在環境部署過程中很有用，而壓縮包格式在釋出環境是很有用。
Web應用程式的層次結構的最頂層結構，也就是應用程式的根節點，在這個目錄下，應該放置組成應用程式使用者入口的html檔案和jsp檔案。當系統管理員將該應用程式部署在其他的伺服器上時，需要為tomcat設定一個上下文context路徑，如果管理員設定的上下文路徑為/catalog，則請求的URL為/catalog/index.html，對應的就是根節點目錄下的index.html檔案。
標準的目錄結構
為了促進建立一個壓縮格式的web應用程式，最好是將應用程式的可執行檔案（tomcat用來執行應用程式的）放置在WAR格式所需的目錄下，為了實現這一點，需要在根目錄下包含以下幾個內容：
- html、jsp等檔案，html和jsp等檔案，必須是client瀏覽器能直接訪問的檔案，比如JS檔案等，樣式檔案等。如果應用程式站點很大，需要將這些檔案分佈在其他的子組織結構中，如果應用站點不大，一般只用一個目錄，來存放這些檔案；
- /web-inf/web.xml檔案，應用程式的部署描述，這是一些xml檔案，用來描述組成應用程式的各種小程式，同時還包含一些初始化引數、以及容器安全管理內容。在下面的子章節中會詳細介紹。
- /web-inf/classes/目錄，在這個目錄中包含了應用程式的所有java類檔案以及其他資原始檔，包含程式類和非程式類，並不是包含在jar檔案中。如果這些類檔案是以java包的形式組織的，則需要在/web-inf/classes/體現這些java包的層次結構，比如一個java類名稱為com.mycompany.mypackage.MyServlet，則在該目錄下的名稱為/WEB-INF/classes/com/mycompany/mypackage/MyServlet.class.
- /web-inf/lib/目錄，該目錄下包含了應用程式所需的jar檔案和java類檔案，比如第三方類檔案或者是JDBC檔案。
當向tomcat中安裝應用程式時，在/web-inf/classes和/web-inf/lib/下的類檔案和jar檔案，對於應用程式中的其他類來說，都是可見的。也就是說如果在這倆目錄下安裝了所有必須的庫類檔案，則在應用程式安裝過程中就會簡單一下，不需要調整系統的類檔案路徑。
共享庫檔案
和其他程式容器一樣，tomcat也支援一種機制，一次安裝庫jar檔案，然後在所有已經安裝的應用程式中呼叫，而不需要在這些應用程式中重新定義包含。在tomcat安裝中，預設的用於共享程式碼的目錄為$CATALINA_HOME/lib，在這裡的jar檔案可以被所有的web站點和內部程式碼可見，將用於應用程式和內部tomcat使用的JDBC驅動器放置在該目錄下是一個比較好的選擇。
Web應用程式部署描述檔案XML
如上文中所說，/web-inf/web.xml中包含了應用程式部署描述，正如副檔名所示，這是一個XML檔案，定義了整個伺服器所需要知道的引數。
TOMCAT context描述檔案
當需要定義tomcat的某些特定配置選項，比如訪問日誌，資料來源、管理配置或者其他引數時，可以在/meta-inf/context.xml中進行定義。在該XML檔案中，最少要包含一個環境因素，該環境因子可以是部署web應用程式的主機的主機引數的子引數。