使用3D Slicer對影象進行配準
摘要：
在進行深度學習之前，我們需要影象進行一些預處理操作，其中配準是很重要的一環，以下將介紹使用軟體3D Slicer來進行影象配準
3D Slicer是（1）一個軟體平臺，用以影象分析（包括配準和實時編輯），影象視覺化以及影象引導治療；（2）是一個免費、開源軟體，並適用於Linux、MacOS...
在進行深度學習之前，我們需要影象進行一些預處理操作，其中配準是很重要的一環，以下將介紹使用軟體3D Slicer來進行影象配準
3D Slicer是（1）一個軟體平臺，用以影象分析（包括配準和實時編輯），影象視覺化以及影象引導治療；（2）是一個免費、開源軟體，並適用於Linux、MacOSX和windows作業系統；（3）擁有強大的可擴充套件性，可以通過模組嵌入方式來增加新的功能和應用。3D slicer的主要特徵有：（1）適用於從頭到腳的各個組織器官；（2）相容MRI、CT、US（超聲）、核醫學以及顯微鏡下的影像；（3）擁有雙向可互動性
準備
1. 3D Slicer下載
下載連結安裝過程不予累述，注意如果有獨顯的話，開啟該軟體的時候，右擊滑鼠，選擇用圖形處理器執行，不然會使用CPU執行，會比較卡
2. 獲取兩組dicom檔案
3. 獲取module -- Elastix
點選view，選擇Extension Manager。搜尋Elastix，安裝SlicerElastix
配準
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將兩組需要配準的dicom檔案拉入軟甲所在位置，根據提示框將兩組檔案都進行載入
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點選搜尋框，選擇Elastix
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在Inputs框，依次選擇配準的檔案，其中Fixed volume表示配準的基準，Moving volums表示待配準的檔案
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選擇配準之後輸出的名字
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點選Apply等待即可
結果
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點選data，可看見左側中間部分顯示原檔案和配準結果檔案，點選即可檢視
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儲存檔案，點選save即可儲存，同時可以儲存多種格式
