1、samtools faidx

1、samtools faidx 能夠對fasta 序列建立一個後綴為.fai 的文件，根據這個.fai 文件和原始的fasta文件， 能夠快速的提取任意區域的序列

2、用法：samtools faidx genome.fa　　　　　　#生成genome.fa.fai

3、例子

該命令對輸入的fasta序列有一定要求：對於每條序列，除了最後一行外， 其他行的長度必須相同,

>one
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT
GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC
ATGCAT
>two another chromosome
ATGCATGCATGCAT
GCATGCATGCATGC

最後生成的.fai文件如下， 共5列，\t分隔；

one 66 5 30 31
two 28 98 14 15

第一列 NAME : 序列的名稱，只保留“>”後，第一個空白之前的內容；

第二列 LENGTH: 序列的長度， 單位為bp；

第三列 OFFSET : 第一個堿基的偏移量， 從0開始計數，換行符也統計進行；

第四列 LINEBASES : 除了最後一行外， 其他代表序列的行的堿基數， 單位為bp；

第五列 LINEWIDTH : 除了最後一行外， 其他代表序列的行的長度， 包括換行符， 在windows系統中換行符為\r\n, 要在序列長度的基礎上加2；

提取序列：

samtools faidx input.fa　　　　　　　　　　　　　　 #生成索引input.fa.fai

samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa　　　　　　 #提取chr1序列

samtools faidx input.fa chr1:1-10000 > chr1.fa　　#提取chr1序列上1-10000間的序列

2、samtools index

1、

　　samtools index accepted_hits.bam　　　　　　　　　　 #生成索引accepted_hits.bam.bai

　　samtools view accepted_hits.bam contig1　　　　　　　 #提取比對到chr1序列reads

　　samtools view accepted_hits.bam contig:1-10000　　　　#提取比對到chr1序列上100-200區間的reads

2、

　　samtools tview accepted_hits.bam ../genome.fa　　　　#samtools tview運用要求要先對bam文件index索引

2、samtools-faidx index