1. 文件系統介紹

R語言對文件系統的操作，包括文件操作和目錄操作，函數API都定義在base包中。

2. 目錄操作

2.1 查看目錄

查看當前目錄下的子目錄。

# 啟動R程序
~ R

# 當前的目錄
> getwd()
[1] "/home/conan/R/fs"

# 查看當前目錄的子目錄
> list.dirs()
[1] "."     "./tmp"

查看當前目錄的子目錄和文件。

> dir()
[1] "readme.txt" "tmp"

# 查看指定目錄的子目錄和文件。
> dir(path="/home/conan/R")
 

 [1] "A.txt"                             "caTools"
 [3] "chinaWeather"                      "DemoRJava"
 [5] "env"                               "FastRWeb"
 [7] "font"                              "fs"
 [9] "github"                            "lineprof"
[11] "pryr"                              "readme.txt"
[13] "RMySQL"                            "RServe"
[15] "rstudio-server-0.97.551-amd64.deb" "websockets"
[17] "x86_64-pc-linux-gnu-library"

# 只列出以字母R開頭的子目錄或文件
> dir(path="/home/conan/R",pattern=‘^R‘)
 

[1] "RMySQL" "RServe"

# 列出目錄下所有的目錄和文件，包括隱藏文件，如 .A.txt
> dir(path="/home/conan/R",all.files=TRUE)
 [1] "."                                 ".."
 [3] ".A.txt"                            "A.txt"
 [5] "caTools"                           "chinaWeather"
 [7] "DemoRJava"                         "env"
 [9] "FastRWeb"                          "font"
[11] "fs"                                "github"
[13] "lineprof"                          "pryr"
[15] "readme.txt"                        "RMySQL"
[17] "RServe"                            "rstudio-server-0.97.551-amd64.deb"
[19] "websockets"                        "x86_64-pc-linux-gnu-library"
 

查看當前目錄的子目錄和文件，同dir()函數。

> list.files()
[1] "readme.txt" "tmp"

> list.files(".",all.files=TRUE)
[1] "."          ".."         "readme.txt" "tmp"

查看完整的目錄信息。

# 查看當前目錄權限
> file.info(".")
  size isdir mode               mtime               ctime               atime  uid  gid uname grname
. 4096  TRUE  775 2013-11-14 08:40:46 2013-11-14 08:40:46 2013-11-14 08:41:57 1000 1000 conan  conan

# 查看指定目錄權限
> file.info("./tmp")
      size isdir mode               mtime               ctime               atime  uid  gid uname grname
./tmp 4096  TRUE  775 2013-11-14 14:35:56 2013-11-14 14:35:56 2013-11-14 14:35:56 1000 1000 conan  conan

2.2 創建目錄

# 在當前目錄下，新建一個目錄
> dir.create("create")
> list.dirs()
[1] "."        "./create" "./tmp"

創建一個3級子目錄./a1/b2/c3

# 直接創建，出錯
> dir.create(path="a1/b2/c3")
Warning message:
In dir.create(path = "a1/b2/c3") :
  cannot create dir ‘a1/b2/c3‘, reason ‘No such file or directory‘

# 遞歸創建，成功
> dir.create(path="a1/b2/c3",recursive = TRUE)
> list.dirs()
[1] "."          "./a1"       "./a1/b2"    "./a1/b2/c3" "./create"  "./tmp"

# 通過系統命令查看目錄結構
> system("tree")
.
├── a1
│   └── b2
│       └── c3
├── create
├── readme.txt
└── tmp

2.3 檢查目錄是否存在

# 目錄存在
> file.exists(".")
[1] TRUE
> file.exists("./a1/b2")
[1] TRUE

# 目錄不存在
> file.exists("./aa")
[1] FALSE

2.4 檢查目錄的權限

檢查目錄的權限

> df<-dir(full.names = TRUE)

# 檢查文件或目錄是否存在，mode=0
> file.access(df, 0) == 0
./a1     ./create ./readme.txt        ./tmp
TRUE         TRUE         TRUE         TRUE

# 檢查文件或目錄是否可執行，mode=1，目錄為可以執行
> file.access(df, 1) == 0
./a1     ./create ./readme.txt        ./tmp
TRUE         TRUE        FALSE         TRUE

# 檢查文件或目錄是否可寫，mode=2
> file.access(df, 2) == 0
./a1     ./create ./readme.txt        ./tmp
TRUE         TRUE         TRUE         TRUE

# 檢查文件或目錄是否可讀，mode=4
> file.access(df, 4) == 0
./a1     ./create ./readme.txt        ./tmp
TRUE         TRUE         TRUE         TRUE

修改目錄權限。

# 修改目錄權限，所有用戶只讀
> Sys.chmod("./create", mode = "0555", use_umask = TRUE)

# 查看目錄完整信息，mode=555
>  file.info("./create")
         size isdir mode               mtime               ctime               atime  uid  gid uname grname
./create 4096  TRUE  555 2013-11-14 08:36:28 2013-11-14 09:07:05 2013-11-14 08:36:39 1000 1000 conan  conan

# create目錄不可以寫
> file.access(df, 2) == 0
./a1     ./create ./readme.txt        ./tmp
TRUE        FALSE         TRUE         TRUE

2.5 對目錄重名

# 對tmp目錄重命名
> file.rename("tmp", "tmp2")
[1] TRUE

# 查看目錄
> dir()
[1] "a1"         "create"     "readme.txt" "tmp2"

2.6 刪除目錄

# 刪除tmp2目錄
> unlink("tmp2", recursive = TRUE)

# 查看目錄
> dir()
[1] "a1"         "create"     "readme.txt"

2.7 其他功能函數

拼接目錄字符串

# 拼接目錄字符串
> file.path("p1","p2","p3")
[1] "p1/p2/p3"

> dir(file.path("a1","b2"))
[1] "c3"

獲取最底層的子目錄名

# 當前目錄
> getwd()
[1] "/home/conan/R/fs"

# 最底層子目錄
> dirname("/home/conan/R/fs/readme.txt")
[1] "/home/conan/R/fs"

# 最底層子目錄或文件名
> basename(getwd())
[1] "fs"
>  basename("/home/conan/R/fs/readme.txt")
[1] "readme.txt"

轉換文件擴展路徑

# 轉換~為用戶目錄
> path.expand("~/foo")
[1] "/home/conan/foo"

標準化路徑，用來轉換win或linux的路徑分隔符

# linux
> normalizePath(c(R.home(), tempdir()))
[1] "/usr/lib/R"      "/tmp/RtmpqNyjPD"

# win
> normalizePath(c(R.home(), tempdir()))
[1] "C:\\Program Files\\R\\R-3.0.1"
[2] "C:\\Users\\Administrator\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpMtSnci"

短路徑，縮減路徑的顯示長度，只在win中運行。

# win
> shortPathName(c(R.home(), tempdir()))
[1] "C:\\PROGRA~1\\R\\R-30~1.1"
[2] "C:\\Users\\ADMINI~1\\AppData\\Local\\Temp\\RTMPMT~1"

3. 文件操作

3.1 查看文件

> dir()
[1]  "create"  "readme.txt"

# 檢查文件是否存在
> file.exists("readme.txt")
[1] TRUE

# 文件不存在
> file.exists("readme.txt222")
[1] FALSE

# 查看文件完整信息
> file.info("readme.txt")
           size isdir mode               mtime               ctime               atime  uid  gid uname grname
readme.txt    7 FALSE  664 2013-11-14 08:24:50 2013-11-14 08:24:50 2013-11-14 08:24:50 1000 1000 conan  conan

# 查看文件訪問權限，存在
>  file.access("readme.txt",0)
readme.txt
         0
# 不可執行
>  file.access("readme.txt",1)
readme.txt
        -1
# 可寫
>  file.access("readme.txt",2)
readme.txt
         0
# 可讀
>  file.access("readme.txt",4)
readme.txt
         0

# 查看一個不存在的文件訪問權限，不存在
> file.access("readme.txt222")
readme.txt222
           -1

判斷是文件還是目錄。

# 判斷是否是目錄
> file_test("-d", "readme.txt")
[1] FALSE
> file_test("-d", "create")
[1] TRUE

# 判斷是否是文件
> file_test("-f", "readme.txt")
[1] TRUE
> file_test("-f", "create")
[1] FALSE

3.2 創建文件

# 創建一個空文件 A.txt
> file.create("A.txt")
[1] TRUE

# 創建一個有內容的文件 B.txt
> cat("file B\n", file = "B.txt")
> dir()
[1] "A.txt"      "B.txt"      "create"     "readme.txt"

# 打印A.txt
> readLines("A.txt")
character(0)

# 打印B.txt
> readLines("B.txt")
[1] "file B"

把文件B.txt的內容，合並到 A.txt。

# 合並文件
> file.append("A.txt", rep("B.txt", 10))
 [1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE

# 查看文件內容
> readLines("A.txt")
 [1] "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B"

把文件A.txt復制到文件C.txt

# 復制文件
> file.copy("A.txt", "C.txt")
[1] TRUE

# 查看文件內容
> readLines("C.txt")
 [1] "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B" "file B"

3.3 修改文件權限

# 修改文件權限，創建者可讀可寫可執行，其他人無權限
> Sys.chmod("A.txt", mode = "0700", use_umask = TRUE)

# 查看文件信息
> file.info("A.txt")
      size isdir mode               mtime               ctime               atime  uid  gid uname grname
A.txt   70 FALSE  700 2013-11-14 12:55:18 2013-11-14 12:57:39 2013-11-14 12:55:26 1000 1000 conan  conan

3.4 文件重命名

# 給文件A.txt重命名為AA.txt
> file.rename("A.txt","AA.txt")
[1] TRUE
> dir()
[1] "AA.txt"     "B.txt"      "create"     "C.txt"      "readme.txt"

3.5 硬連接和軟連接

• 硬連接，指通過索引節點來進行連接。在Linux的文件系統中，保存在磁盤分區中的文件不管是什麽類型都給它分配一個編號，稱為索引節點號(Inode Index)。在Linux中，多個文件名指向同一索引節點是存在的。一般這種連接就是硬連接。硬連接的作用是允許一個文件擁有多個有效路徑名，這樣用戶就可以建立硬連接到重要文件，以防止“誤刪”的功能。其原因如上所述，因為對應該目錄的索引節點有一個以上的連接。只刪除一個連接並不影響索引節點本身和其它的連接，只有當最後一個連接被刪除後，文件的數據塊及目錄的連接才會被釋放。也就是說，文件真正刪除的條件是與之相關的所有硬連接文件均被刪除。
• 軟連接，也叫符號連接（Symbolic Link）。軟鏈接文件有類似於Windows的快捷方式。它實際上是一個特殊的文件。在符號連接中，文件實際上是一個文本文件，其中包含的有另一文件的位置信息。

硬連接和軟連接，只在Linux系統中使用。

# 硬連接
> file.link("readme.txt", "hard_link.txt")
[1] TRUE

# 軟連接
> file.symlink("readme.txt", "soft_link.txt")
[1] TRUE

# 查看文件目錄
> system("ls -l")
-rwx------ 1 conan conan   70 Nov 14 12:55 AA.txt
-rw-rw-r-- 1 conan conan    7 Nov 14 12:51 B.txt
dr-xr-xr-x 2 conan conan 4096 Nov 14 08:36 create
-rw-rw-r-- 1 conan conan   70 Nov 14 12:56 C.txt
-rw-rw-r-- 2 conan conan    7 Nov 14 08:24 hard_link.txt
-rw-rw-r-- 2 conan conan    7 Nov 14 08:24 readme.txt
lrwxrwxrwx 1 conan conan   10 Nov 14 13:11 soft_link.txt -> readme.txt

文件hard_link.txt是文件readme.txt硬連接文件，文件soft_link.txt是文件readme.txt軟連接文件，

3.5 刪除文件

有兩個函數可以使用file.remove和unlink，其中unlink函數使用同刪除目錄操作是一樣的。

# 刪除文件
> file.remove("A.txt", "B.txt", "C.txt")
[1] FALSE  TRUE  TRUE

# 刪除文件
> unlink("readme.txt")

# 查看目錄文件
> system("ls -l")
total 12
-rwx------ 1 conan conan   70 Nov 14 12:55 AA.txt
dr-xr-xr-x 2 conan conan 4096 Nov 14 08:36 create
-rw-rw-r-- 1 conan conan    7 Nov 14 08:24 hard_link.txt
lrwxrwxrwx 1 conan conan   10 Nov 14 13:11 soft_link.txt -> readme.txt

# 打印硬連接文件
> readLines("hard_link.txt")
[1] "file A"

# 打印軟連接文件，soft_link.txt，由於原文件被刪除，有錯誤
> readLines("soft_link.txt")
Error in file(con, "r") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(con, "r") :
  cannot open file ‘soft_link.txt‘: No such file or directory

4. 幾個特殊的目錄

• R.home() 查看R軟件的相關目錄
• .Library 查看R核心包的目錄
• .Library.site 查看R核心包的目錄和root用戶安裝包目錄
• .libPaths() 查看R所有包的存放目錄
• system.file() 查看指定包所在的目錄

4.1 R.home() 查看R軟件的相關目錄

# 打印R軟件安裝目錄
> R.home()
[1] "/usr/lib/R"

# 打印R軟件bin的目錄
> R.home(component="bin")
[1] "/usr/lib/R/bin"

# 打印R軟件文件的目錄
>  R.home(component="doc")
[1] "/usr/share/R/doc"

通過系統命令，找到R文件的位置。

# 檢查系統中R文件的位置
~ whereis R
R: /usr/bin/R /etc/R /usr/lib/R /usr/bin/X11/R /usr/local/lib/R /usr/share/R /usr/share/man/man1/R.1.gz

# 打印環境變量R_HOME
~ echo $R_HOME
/usr/lib/R

通過R.home()函數，我們可以很容易的定位R軟件的目錄。

4.2 R軟件的包目錄

# 打印核心包的目錄
> .Library
[1] "/usr/lib/R/library"

# 打印核心包的目錄和root用戶安裝包目錄
> .Library.site
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/library"

# 打印所有包的存放目錄
> .libPaths()
[1] "/home/conan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4] "/usr/lib/R/library"

4.3 查看指定包所在的目錄

# base包的存放目錄
> system.file()
[1] "/usr/lib/R/library/base"

# pryr包的存放目錄
>  system.file(package = "pryr")
[1] "/home/conan/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/pryr"

REF:

http://blog.fens.me/r-file-folder/

R語言文件相關的操作