輸出結果 data ase api 我們 model orm clas last

(green) short pairwise alignment / detailed edit model; (yellow) database search / divergent homology detection; (red) whole genome alignment / alignment of long sequences with structural rearrangements; (blue) short read mapping / rapid alignment of massive numbers of short sequences.

簡單的局部比對：Blast、Blat等

Blast類型包括以下幾種： Blastn---核酸序列與數據庫中的核酸序列的比對 Blastp---蛋白序列與數據庫中的蛋白序列的比對 Blastx---核酸序列翻譯成蛋白質(six-frame protein)後與數據庫中的蛋白序列進行比對 Tblastn---蛋白質序列與數據庫中的核酸序列進行比對 Tblastx---核酸序列翻譯成蛋白質後與數據庫中的核酸序列翻譯成的蛋白質序列進行比對 BLAST建庫 建庫的過程是建立目標序列的索引文件，所用程序是formatdb，通常我們使用FASTA格式的序列作為輸入。用於建庫的FASTA序列是db.seq，formatdb的基本命令是：

formatdb -i db.seq [-options]

常用參數有以下幾個：

-p：選擇建庫的類型，T表示蛋白庫，F表示核酸庫。缺省值為T
-o：判斷是否分析序列名並建立序列名索引。T表示建立序列名索引，F表示不建立序列名索引。缺省值為F
BLAST命令行：

輸出結果：

3是相似度、4是能比對上的區域

Blat

全局比對：MUSCLE、MATT等

muscle -in <inputfile> -out <outputfile>

比對工具