在註釋中加一些Doxygen支援的指令，主要作用是控制輸出文件的排版格式，使用這些指令時需要在前面加上“\”或者“@”（JavaDoc風格）符號，告訴Doxygen這些是一些特殊的指令，通過加入這些指令以及配備相應的文字，可以生成更加豐富的文件，下面對比較常用的指令做一下簡單介紹。

下面介紹C++的標註寫法，c++不推薦c語言式的/* */風格註釋，這裡，除了檔案頭使用這種註釋外其餘到使用C++風格的註釋。

【檔案頭】

/*!
* \file Ctext.h
* \brief 概述 
* 
*詳細概述 
* 
* \author 作者名字
* \version 版本號(maj.min，主版本.分版本格式) 
* \date 日期 
*/

【名稱空間】

/// \brief 名稱空間的簡單概述 
/// 
///名稱空間的詳細概述
namespace text
{
 ……
}

【類說明】

/// \brief Ctext的doxygen測試
///
/// 作doxygen測試用
class Ctext
{
}

【函式標註】

/// \brief 函式簡要說明-測試函式
/// \param n1 引數1
/// \param c2 引數2
/// \return 返回說明
bool text(int n1,Ctext c2);

/// \brief 函式簡要說明-測試函式
/// 
/// 函式詳細說明，這裡寫函式的詳細說明資訊，說明可以換行
/// ，如這裡所示，同時需要注意的是詳細說明和簡要說明之間必須空一行
/// ，詳細說明之前不需要任何識別符號
/// \param n1 引數1說明
/// \param c2 引數2說明
/// \return 返回說明
/// \see text
bool text2(int n1,Ctext c2);

【變數及列舉】

    int m_a;     ///< 成員變數1m_a說明
    double m_b; ///< 成員變數2m_b說明
 
 
    /// \brief 成員變數m_c簡要說明
    ///
    /// 成員變數m_c的詳細說明，這裡可以對變數進行
    ///詳細的說明和描述，具體方法和函式的標註是一樣的
    float m_c;
 
 
    /// \brief xxx列舉變數的簡要說明
    ///
    /// xxx列舉變數的詳細說明--列舉變數的詳細說明和函式的詳細說明
    ///的寫法是一致的。每個列舉變數下可以進行單獨說明
    enum{
        em_1,///< 列舉值1的說明
        em_2,///< 列舉值2的說明
        em_3 ///< 列舉值3的說明
    };