• 機器學習之圖半監督學習LabelPropagation

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Created on Tue Dec  4 12:17:46 2018

@author: muli
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import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn import  metrics
from sklearn import datasets

from scipy.sparse.csgraph import connected_components
from sklearn.semi_supervised import LabelPropagation


def load_data():
    '''
    載入資料集

    :return: 一個元組，依次為： 樣本集合、樣本標記集合、 未標記樣本的下標集合
    '''
    digits = datasets.load_digits()
    ######   混洗樣本　########
    rng = np.random.RandomState(0)
    indices = np.arange(len(digits.data)) # 樣本下標集合
    rng.shuffle(indices) # 混洗樣本下標集合
    print(indices)
    print("**************")
    X = digits.data[indices]
    print(np.shape(X))
    y = digits.target[indices]
    print(np.shape(digits.data))
    print("-----------")
    ###### 生成未標記樣本的下標集合 ####
    n_labeled_points = int(len(y)/10) # 只有 10% 的樣本有標記
    unlabeled_indices = np.arange(len(y))[n_labeled_points:] # 後面 90% 的樣本未標記
    print(unlabeled_indices)
    return X,y,unlabeled_indices


def test_LabelPropagation(*data):
    '''
    測試 LabelPropagation 的用法

    :param data: 一個元組，依次為： 樣本集合、樣本標記集合、 未標記樣本的下標集合
    :return: None
    '''
    X,y,unlabeled_indices=data
    y_train=np.copy(y) # 必須拷貝，後面要用到 y
    y_train[unlabeled_indices]=-1 # 未標記樣本的標記設定為 -1
#    clf=LabelPropagation
    clf=LabelPropagation(max_iter=100,kernel='rbf',gamma=0.1)
    clf.fit(X,y_train)
    ### 獲取預測準確率
    predicted_labels = clf.transduction_[unlabeled_indices] # 預測標記
    true_labels = y[unlabeled_indices] # 真實標記
    print("Accuracy:%f"%metrics.accuracy_score(true_labels,predicted_labels))
    # 或者 print("Accuracy:%f"%clf.score(X[unlabeled_indices],true_labels))


def test_LabelPropagation_rbf(*data):
    '''
    測試 LabelPropagation 的 rbf 核時，預測效能隨 alpha 和 gamma 的變化

    :param data: 一個元組，依次為： 樣本集合、樣本標記集合、 未標記樣本的下標集合
    :return: None
    '''
    X,y,unlabeled_indices=data
    y_train=np.copy(y) # 必須拷貝，後面要用到 y
    y_train[unlabeled_indices]=-1 # 未標記樣本的標記設定為 -1

    fig=plt.figure()
    ax=fig.add_subplot(1,1,1)
    alphas=np.linspace(0.01,1,num=10,endpoint=False)
    gammas=np.logspace(-2,2,num=50)
    colors=((1,0,0),(0,1,0),(0,0,1),(0.5,0.5,0),(0,0.5,0.5),(0.5,0,0.5),
        (0.4,0.6,0),(0.6,0.4,0),(0,0.6,0.4),(0.5,0.3,0.2),) # 顏色集合，不同曲線用不同顏色
    ## 訓練並繪圖
    print("---1")
    for alpha2,color in zip(alphas,colors):
        scores=[]
        for gamma in gammas:
            print("---2")
            clf=LabelPropagation(max_iter=100,gamma=gamma,alpha=alpha2,kernel='rbf')
            print("---3")
            clf.fit(X,y_train)
            print("---4")
            scores.append(clf.score(X[unlabeled_indices],y[unlabeled_indices]))
            print("---5")
        ax.plot(gammas,scores,label=r"$\alpha=%s$"%alpha2,color=color)

    ### 設定圖形
    ax.set_xlabel(r"$\gamma$")
    ax.set_ylabel("score")
    ax.set_xscale("log")
    ax.legend(loc="best")
    ax.set_title("LabelPropagation rbf kernel")
    plt.show()


def test_LabelPropagation_knn(*data):
    '''
   測試 LabelPropagation 的 knn 核時，預測效能隨 alpha 和 n_neighbors 的變化

    :param data:  一個元組，依次為： 樣本集合、樣本標記集合、 未標記樣本的下標集合
    :return:  None
    '''
    X,y,unlabeled_indices=data
    y_train=np.copy(y) # 必須拷貝，後面要用到 y
    y_train[unlabeled_indices]=-1 # 未標記樣本的標記設定為 -1

    fig=plt.figure()
    ax=fig.add_subplot(1,1,1)
    alphas=np.linspace(0.01,1,num=10,endpoint=False)
    Ks=[1,2,3,4,5,8,10,15,20,25,30,35,40,50]
    colors=((1,0,0),(0,1,0),(0,0,1),(0.5,0.5,0),(0,0.5,0.5),(0.5,0,0.5),
        (0.4,0.6,0),(0.6,0.4,0),(0,0.6,0.4),(0.5,0.3,0.2),) # 顏色集合，不同曲線用不同顏色
    ## 訓練並繪圖
    for alpha,color in zip(alphas,colors):
        scores=[]
        for K in Ks:
            clf=LabelPropagation(max_iter=100,n_neighbors=K,alpha=alpha,kernel='knn')
            clf.fit(X,y_train)
            scores.append(clf.score(X[unlabeled_indices],y[unlabeled_indices]))
        ax.plot(Ks,scores,label=r"$\alpha=%s$"%alpha,color=color)

    ### 設定圖形
    ax.set_xlabel(r"$k$")
    ax.set_ylabel("score")
    ax.legend(loc="best")
    ax.set_title("LabelPropagation knn kernel")
    plt.show()


if __name__=='__main__':
    data=load_data() # 獲取半監督分類資料集
#    test_LabelPropagation(*data) # 呼叫 test_LabelPropagation
#    test_LabelPropagation_rbf(*data)# 呼叫 test_LabelPropagation_rbf
    test_LabelPropagation_knn(*data)# 呼叫 test_LabelPropagation_knn
 

• 如圖：