基因資料處理系列

1.解釋

先有java提供轉換，使用jni呼叫c

然後scala呼叫java

2.程式碼：

2.1 java：

package ssw;

/**
 * Created by xubo on 2016/11/25.
 */
public class SSW {
    public static int align(String query, String ref) {
        try {
            System.loadLibrary("sswjni");
        } catch (UnsatisfiedLinkError e) {
            System.out.println(String.format("Cannot find libsswjni.so. Has the library been built and LD_LIBRARY_PATH or -Djava.library.path set appropriately?\n%s", e));
            throw e;
        }
        int[][] score = new int[128][128];
        for (int i = 0; i < 128; i++) {
            for (int j = 0; j < 128; j++) {
                if (i == j) score[i][j] = 2;
                else score[i][j] = -2;
            }
        }
        System.out.println("Aligning nucleotides");
        Alignment aln = Aligner.align(query.getBytes(), ref.getBytes(), score, 12, 2, true);
        if (aln == null) {
            throw new RuntimeException();
        }

        return aln.score1;
    }

    public static int[][] blosum50() {
        int[][] a = {
                {5, -2, -1, -2, -1, -3, 0, -2, -1, -2, -1, -2, -1, -1, -5, -1, -1, -2, 1, 0, -5, 0, -3, -1, -2, -1},
                {-2, 6, -3, 6, 1, -4, -1, 0, -4, -4, 0, -4, -3, 5, -5, -2, 0, -1, 0, 0, -5, -3, -5, -1, -3, 1},
                {-1, -3, 13, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -3, -2, -2, -2, -5, -4, -3, -4, -1, -1, -5, -1, -5, -1, -3, -3},
                {-2, 6, -4, 8, 2, -5, -1, -1, -4, -4, -1, -4, -4, 2, -5, -1, 0, -2, 0, -1, -5, -4, -5, -1, -3, 1},
                {-1, 1, -3, 2, 6, -3, -3, 0, -4, -3, 1, -3, -2, 0, -5, -1, 2, 0, -1, -1, -5, -3, -3, -1, -2, 5},
                {-3, -4, -2, -5, -3, 8, -4, -1, 0, 1, -4, 1, 0, -4, -5, -4, -4, -3, -3, -2, -5, -1, 1, -1, 4, -4},
                {0, -1, -3, -1, -3, -4, 8, -2, -4, -4, -2, -4, -3, 0, -5, -2, -2, -3, 0, -2, -5, -4, -3, -1, -3, -2},
                {-2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 10, -4, -3, 0, -3, -1, 1, -5, -2, 1, 0, -1, -2, -5, -4, -3, -1, 2, 0},
                {-1, -4, -2, -4, -4, 0, -4, -4, 5, 4, -3, 2, 2, -3, -5, -3, -3, -4, -3, -1, -5, 4, -3, -1, -1, -3},
                {-2, -4, -2, -4, -3, 1, -4, -3, 4, 4, -3, 4, 2, -4, -5, -3, -3, -3, -3, -1, -5, 2, -2, -1, -1, -3},
                {-1, 0, -3, -1, 1, -4, -2, 0, -3, -3, 6, -3, -2, 0, -5, -1, 2, 3, 0, -1, -5, -3, -3, -1, -2, 1},
                {-2, -4, -2, -4, -3, 1, -4, -3, 2, 4, -3, 5, 3, -4, -5, -4, -2, -3, -3, -1, -5, 1, -2, -1, -1, -3},
                {1, -3, -2, -4, -2, 0, -3, -1, 2, 2, -2, 3, 7, -2, -5, -3, 0, -2, -2, -1, -5, 1, -1, -1, 0, -1},
                {-1, 5, -2, 2, 0, -4, 0, 1, -3, -4, 0, -4, -2, 7, -5, -2, 0, -1, 1, 0, -5, -3, -4, -1, -2, 0},
                {-5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 1, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 0, -5},
                {-1, -2, -4, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -3, -1, -4, -3, -2, -5, 10, -1, -3, -1, -1, -5, -3, -4, -1, -3, -1},
                {-1, 0, -3, 0, 2, -4, -2, 1, -3, -3, 2, -2, 0, 0, -5, -1, 7, 1, 0, -1, -5, -3, -1, -1, -1, 4},
                {-2, -1, -4, -2, 0, -3, -3, 0, -4, -3, 3, -3, -2, -1, -5, -3, 1, 7, -1, -1, -5, -3, -3, -1, -1, 0},
                {1, 0, -1, 0, -1, -3, 0, -1, -3, -3, 0, -3, -2, 1, -5, -1, 0, -1, 5, 2, -5, -2, -4, -1, -2, 0},
                {0, 0, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -5, -1, -1, -1, 2, 5, 1, 0, -3, -1, -2, -1},
                {-2, -1, -2, -3, -3, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, 0, 4, 0, -3, -2, -2, 2, 8, 0, -1, -3, -1, -2, -1},
                {0, -3, -1, -4, -3, -1, -4, -4, 4, 2, -3, 1, 1, -3, -5, -3, -3, -3, -2, 0, -5, 5, -3, -1, -1, -3},
                {-3, -5, -5, -5, -3, 1, -3, -3, -3, -2, -3, -2, -1, -4, -5, -4, -1, -3, -4, -3, -5, -3, 15, -1, 2, -2},
                {-1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -5, -1, -1, -1, -1, -1, -5, -1, -1, -1, -1, -1},
                {-5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 8, -5},
                {-1, 1, -3, 1, 5, -4, -2, 0, -3, -3, 1, -3, -1, 0, -5, -1, 4, 0, 0, -1, -5, -3, -2, -1, -2, 5}
        };
        return a;
    }
}
 

2.2 scala呼叫：

package org.dsw.other.ssw

import ssw.SSW

/**
  * Created by xubo on 2016/11/25.
  */
object SSWLearning {
  def main(args: Array[String]) {

    val score = SSW.align("AGCT", "ACT")
    println(score)

  }
}

3.結果：

[email protected]:~/xubo/tools/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/src$ scala  -Djava.library.path=. -cp SparkSW.jar org.dsw.other.ssw.SSWLearning
Aligning nucleotides
4
 

參考

【1】https://github.com/xubo245
【2】http://blog.csdn.net/xubo245/