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聚類演算法——python實現SOM演算法

演算法簡介

SOM網路是一種競爭學習型的無監督神經網路,將高維空間中相似的樣本點對映到網路輸出層中的鄰近神經元。

訓練過程簡述:在接收到訓練樣本後,每個輸出層神經元會計算該樣本與自身攜帶的權向量之間的距離,距離最近的神經元成為競爭獲勝者,稱為最佳匹配單元。然後最佳匹配單元及其鄰近的神經元的權向量將被調整,以使得這些權向量與當前輸入樣本的距離縮小。這個過程不斷迭代,直至收斂。

網路結構:輸入層和輸出層(或競爭層),如下圖所示。
輸入層:假設一個輸入樣本為X=[x1,x2,x3,…,xn],是一個n維向量,則輸入層神經元個數為n個。
輸出層(競爭層):通常輸出層的神經元以矩陣方式排列在二維空間中,每個神經元都有一個權值向量。
假設輸出層有m個神經元,則有m個權值向量,Wi = [wi1,wi2,....,win], 1<=i<=m。

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演算法流程:
1. 初始化:權值使用較小的隨機值進行初始化,並對輸入向量和權值做歸一化處理 
          X’ = X/||X|| 
          ω’i= ωi/||ωi||, 1<=i<=m 
          ||X||和||ωi||分別為輸入的樣本向量和權值向量的歐幾里得範數。
2.將樣本輸入網路:樣本與權值向量做點積,點積值最大的輸出神經元贏得競爭,
(或者計算樣本與權值向量的歐幾里得距離,距離最小的神經元贏得競爭)記為獲勝神經元。
3.更新權值:對獲勝的神經元拓撲鄰域內的神經元進行更新,並對學習後的權值重新歸一化。 
        ω(t+1)= ω(t)+ η(t,n) * (x-ω(t))
        η(t,n):η為學習率是關於訓練時間t和與獲勝神經元的拓撲距離n的函式。
        η(t,n)=η(t)e^(-n)
        η(t)的幾種函式影象如下圖所示。

4.更新學習速率η及拓撲鄰域N,N隨時間增大距離變小,如下圖所示。
5.判斷是否收斂。如果學習率η<=ηmin或達到預設的迭代次數,結束演算法。

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python程式碼實現SOM

import numpy as np
import pylab as pl

class SOM(object):
    def __init__(self, X, output, iteration, batch_size):
        """
        :param X:  形狀是N*D, 輸入樣本有N個,每個D維
        :param output: (n,m)一個元組,為輸出層的形狀是一個n*m的二維矩陣
        :param iteration:迭代次數
        :param batch_size:每次迭代時的樣本數量
        初始化一個權值矩陣,形狀為D*(n*m),即有n*m權值向量,每個D維
        """
self.X = X self.output = output self.iteration = iteration self.batch_size = batch_size self.W = np.random.rand(X.shape[1], output[0] * output[1]) print (self.W.shape) def GetN(self, t): """ :param t:時間t, 這裡用迭代次數來表示時間 :return: 返回一個整數,表示拓撲距離,時間越大,拓撲鄰域越小 """ a = min(self.output) return int(a-float(a)*t/self.iteration) def Geteta(self, t, n): """ :param t: 時間t, 這裡用迭代次數來表示時間 :param n: 拓撲距離 :return: 返回學習率, """ return np.power(np.e, -n)/(t+2) def updata_W(self, X, t, winner): N = self.GetN(t) for x, i in enumerate(winner): to_update = self.getneighbor(i[0], N) for j in range(N+1): e = self.Geteta(t, j) for w in to_update[j]: self.W[:, w] = np.add(self.W[:,w], e*(X[x,:] - self.W[:,w])) def getneighbor(self, index, N): """ :param index:獲勝神經元的下標 :param N: 鄰域半徑 :return ans: 返回一個集合列表,分別是不同鄰域半徑內需要更新的神經元座標 """ a, b = self.output length = a*b def distence(index1, index2): i1_a, i1_b = index1 // a, index1 % b i2_a, i2_b = index2 // a, index2 % b return np.abs(i1_a - i2_a), np.abs(i1_b - i2_b) ans = [set() for i in range(N+1)] for i in range(length): dist_a, dist_b = distence(i, index) if dist_a <= N and dist_b <= N: ans[max(dist_a, dist_b)].add(i) return ans def train(self): """ train_Y:訓練樣本與形狀為batch_size*(n*m) winner:一個一維向量,batch_size個獲勝神經元的下標 :return:返回值是調整後的W """ count = 0 while self.iteration > count: train_X = self.X[np.random.choice(self.X.shape[0], self.batch_size)] normal_W(self.W) normal_X(train_X) train_Y = train_X.dot(self.W) winner = np.argmax(train_Y, axis=1).tolist() self.updata_W(train_X, count, winner) count += 1 return self.W def train_result(self): normal_X(self.X) train_Y = self.X.dot(self.W) winner = np.argmax(train_Y, axis=1).tolist() print (winner) return winner def normal_X(X): """ :param X:二維矩陣,N*D,N個D維的資料 :return: 將X歸一化的結果 """ N, D = X.shape for i in range(N): temp = np.sum(np.multiply(X[i], X[i])) X[i] /= np.sqrt(temp) return X def normal_W(W): """ :param W:二維矩陣,D*(n*m),D個n*m維的資料 :return: 將W歸一化的結果 """ for i in range(W.shape[1]): temp = np.sum(np.multiply(W[:,i], W[:,i])) W[:, i] /= np.sqrt(temp) return W #畫圖 def draw(C): colValue = ['r', 'y', 'g', 'b', 'c', 'k', 'm'] for i in range(len(C)): coo_X = [] #x座標列表 coo_Y = [] #y座標列表 for j in range(len(C[i])): coo_X.append(C[i][j][0]) coo_Y.append(C[i][j][1]) pl.scatter(coo_X, coo_Y, marker='x', color=colValue[i%len(colValue)], label=i) pl.legend(loc='upper right') pl.show() #資料集:每三個是一組分別是西瓜的編號,密度,含糖量 data = """ 1,0.697,0.46,2,0.774,0.376,3,0.634,0.264,4,0.608,0.318,5,0.556,0.215, 6,0.403,0.237,7,0.481,0.149,8,0.437,0.211,9,0.666,0.091,10,0.243,0.267, 11,0.245,0.057,12,0.343,0.099,13,0.639,0.161,14,0.657,0.198,15,0.36,0.37, 16,0.593,0.042,17,0.719,0.103,18,0.359,0.188,19,0.339,0.241,20,0.282,0.257, 21,0.748,0.232,22,0.714,0.346,23,0.483,0.312,24,0.478,0.437,25,0.525,0.369, 26,0.751,0.489,27,0.532,0.472,28,0.473,0.376,29,0.725,0.445,30,0.446,0.459""" a = data.split(',') dataset = np.mat([[float(a[i]), float(a[i+1])] for i in range(1, len(a)-1, 3)]) dataset_old = dataset.copy() som = SOM(dataset, (5, 5), 1, 30) som.train() res = som.train_result() classify = {} for i, win in enumerate(res): if not classify.get(win[0]): classify.setdefault(win[0], [i]) else: classify[win[0]].append(i) C = []#未歸一化的資料分類結果 D = []#歸一化的資料分類結果 for i in classify.values(): C.append(dataset_old[i].tolist()) D.append(dataset[i].tolist()) draw(C) draw(D)

由於資料比較少,就直接用的訓練集做測試了,執行結果圖如下,分別是對未歸一化的資料和歸一化的資料進行的展示。
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