python利用numpy實現結構體
在C語言中我們可以通過struct關鍵字定義結構型別,結構中的欄位佔據連續的記憶體空間,每個結構體佔用的記憶體大小都相同,因此可以很容易地定義結構陣列。和C語言一樣,在NumPy中也很容易對這種結構陣列進行操作。只要NumPy中的結構定義和C語言中的定義相同,NumPy就可以很方便地讀取C語言的結構陣列的二進位制資料,轉換為NumPy的結構陣列。
假設我們需要定義一個結構陣列,它的每個元素都有name, age和weight欄位。在NumPy中可以如下定義:
import numpy as np persontype = np.dtype({ 'names':['name', 'age', 'weight'], 'formats':['S32','i', 'f']}) a = np.array([("Zhang",32,75.5),("Wang",24,65.2)], dtype=persontype)
我們先建立一個dtype物件persontype,通過其字典引數描述結構型別的各個欄位。字典有兩個關鍵字:names,formats。每個關鍵字對應的值都是一個列表。names定義結構中的每個欄位名,而formats則定義每個欄位的型別:
- S32 : 32個位元組的字串型別,由於結構中的每個元素的大小必須固定,因此需要指定字串的長度
- i : 32bit的整數型別,相當於np.int32
- f : 32bit的單精度浮點數型別,相當於np.float32
然後我們呼叫array函式建立陣列,通過關鍵字引數 dtype=persontype, 指定所建立的陣列的元素型別為結構persontype。執行上面程式之後,我們可以在IPython中執行如下的語句檢視陣列a的元素型別
>>> a.dtype dtype([('name', '|S32'), ('age', '<i4'), ('weight', '<f4')])
這裡我們看到了另外一種描述結構型別的方法: 一個包含多個組元的列表,其中形如 (欄位名, 型別描述) 的組元描述了結構中的每個欄位。型別描述前面為我們添加了 '|', '<' 等字元,這些字元用來描述欄位值的位元組順序:
- | : 忽視位元組順序
- < : 低位位元組在前
- > : 高位位元組在前
結構陣列的存取方式和一般陣列相同,通過下標能夠取得其中的元素,注意元素的值看上去像是組元,實際上它是一個結構:
>>> a[0] ('Zhang', 32, 75.5) >>> a[0].dtype dtype([('name', '|S32'), ('age', '<i4'), ('weight', '<f4')])
a[0]是一個結構元素,它和陣列a共享記憶體資料,因此可以通過修改它的欄位,改變原始陣列中的對應欄位:
>>> c = a[1] >>> c["name"] = "Li" >>> a[1]["name"] "Li"
結構像字典一樣可以通過字串下標獲取其對應的欄位值:
>>> a[0]["name"] 'Zhang'
我們不但可以獲得結構元素的某個欄位,還可以直接獲得結構陣列的欄位,它返回的是原始陣列的檢視,因此可以通過修改b[0]改變a[0]["age"]:
>>> b=a[:]["age"] # 或者a["age"] >>> b array([32, 24]) >>> b[0] = 40 >>> a[0]["age"] 40
通過呼叫a.tostring或者a.tofile方法,可以直接輸出陣列a的二進位制形式:
>>> a.tofile("test.bin")
利用下面的C語言程式可以將test.bin檔案中的資料讀取出來。
記憶體對齊
C語言的結構體為了記憶體定址方便,會自動的新增一些填充用的位元組,這叫做記憶體對齊。例如如果把下面的name[32]改為name[30]的話,由於記憶體對齊問題,在name和age中間會填補兩個位元組,最終的結構體大小不會改變。因此如果numpy中的所配置的記憶體大小不符合C語言的對齊規範的話,將會出現資料錯位。為了解決這個問題,在建立dtype物件時,可以傳遞引數align=True,這樣numpy的結構陣列的記憶體對齊和C語言的結構體就一致了。
#include <stdio.h> struct person { char name[32]; int age; float weight; }; struct person p[2]; void main () { FILE *fp; int i; fp=fopen("test.bin","rb"); fread(p, sizeof(struct person), 2, fp); fclose(fp); for(i=0;i<2;i++) printf("%s %d %f\n", p[i].name, p[i].age, p[i].weight); getchar(); }
結構型別中可以包括其它的結構型別,下面的語句建立一個有一個欄位f1的結構,f1的值是另外一個結構,它有欄位f2,其型別為16bit整數。
>>> np.dtype([('f1', [('f2', np.int16)])]) dtype([('f1', [('f2', '<i2')])])
當某個欄位型別為陣列時,用組元的第三個引數表示,下面描述的f1欄位是一個shape為(2,3)的雙精度浮點陣列:
>>> np.dtype([('f0', 'i4'), ('f1', 'f8', (2, 3))]) dtype([('f0', '<i4'), ('f1', '<f8', (2, 3))])
用下面的字典引數也可以定義結構型別,字典的關鍵字為結構中欄位名,值為欄位的型別描述,但是由於字典的關鍵字是沒有順序的,因此欄位的順序需要在型別描述中給出,型別描述是一個組元,它的第二個值給出欄位的位元組為單位的偏移量,例如age欄位的偏移量為25個位元組:
>>> np.dtype({'surname':('S25',0),'age':(np.uint8,25)})
dtype([('surname', '|S25'), ('age', '|u1')])
轉載的,網址是http://old.sebug.net/paper/books/scipydoc/numpy_intro.html
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