一個高效的資料模型能夠很好的滿足你應用程式的需求。設計一個文件資料結構最關鍵的考量就是決定是否使用嵌入式還是引用。
1. 內嵌式資料模型
在MongoDB裡面，你可以把相關的資料包括在一個單個的結構或者文件下面。這樣的資料模式也叫做 “非規範化” 模式，它充分利用了MongoDB的靈活文件格式的功能。以下圖為例：

內嵌資料可以讓應用程式把相關的資料儲存在同一條資料庫記錄裡面。這樣一來，應用程式就可以傳送較少的請求給MongoDB資料庫來完成常用的查詢及更新請求。
一般來說，下述情況建議使用內嵌資料：
- 資料物件之間有 “contains” (包含) 關係。
- 資料物件之間有一對多的關係。 這些情況下 “多個”或者子文件會經常和父文件一起被顯示和檢視。
通常情況下，內嵌資料會對讀操作有比較好的效能提高，也可以使應用程式在一個單個操作就可以完成對資料的讀取。 同時，內嵌資料也對更新相關資料提供了一個原子性寫操作。
然而， 內嵌相關資料到同一個文件內會很容易導致文件的增長。 文件增長會影響寫效能並導致資料碎片問題。更多資訊請參見 文件增長性。另外， MongoDB的文件大小必須小於16M。 超過這個大小的話，你可以考慮使用 GridFS。
當需要訪問內嵌的資料時，你可以使用 dot notation 。 欲瞭解如何訪問陣列內資料或內嵌文件資料，參見 陣列內資料查詢 以及 內嵌文件資料查詢 。
2. 規範化資料模型
規範化資料模型指的是通過使用 引用 來表達物件之間的關係。