這個問題普遍存在，解決方案有兩種：

第一種方法： 開啟專案的classpath檔案：如下

     <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<classpath>
    <classpathentry kind="src" output="target/test-classes" path="src/test/java">
        <attributes>
            <attribute name="optional" value="true"/>
            <attribute
 
 name="maven.pomderived" value="true"/>
        </attributes>
    </classpathentry>
    <classpathentry kind="src" path="src/main/java"/>
    <classpathentry kind="src" path="src/main/resources"/>
    <classpathentry kind="src" output="target/test-classes" path="src/test/resources"
 
/>
    <classpathentry kind="con" path="org.eclipse.m2e.MAVEN2_CLASSPATH_CONTAINER">
        <attributes>
            <attribute name="maven.pomderived" value="true"/>
            <attribute name="org.eclipse.jst.component.dependency" value="/WEB-INF/lib"/>
        </attributes
 
>
    </classpathentry>
    <classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER/org.eclipse.jdt.internal.debug.ui.launcher.StandardVMType/JavaSE-1.6">
        <attributes>
            <attribute name="owner.project.facets" value="java"/>
        </attributes>
    </classpathentry>
    <classpathentry kind="output" path="target/classes"/>
</classpath>

會出現path屬性為：src/main/java的classpathentry節點，這時刪除我們需要新建的的節點就可以，比如 <classpathentry kind="src" path="src/main/java"/>。在Java Resources下重新建立src/main/java資料夾，就不會出現問題了。

第二種方法：這是最便利的一種。在專案上右鍵選擇properties，然後點選java build path，在Librarys下，編輯JRE System Library，選擇workspace default jre就可以了。

第三種方法：用Navigator檢視，直接在src/main目錄下建立java目錄。
分析原因: 專案屬性->Java Build Path->Source，會看到src/main/java, src/test/java已存在，但是Missing。所以只需要建立目錄,Source Floder就出現了。
參考部落格