文章目錄

• 利用Gephi軟體繪製網路圖
• 1. 生成物種相關性矩陣
• 2. Gephi生成點、邊檔案
• 3. 點、邊檔案註釋
• 4. 網路點、邊美化
• 5. 網路屬性、預覽和標籤
• 參考文獻
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利用Gephi軟體繪製網路圖

1. 生成物種相關性矩陣

此步驟需要在R語言環境下執行，依賴psych包，輸入檔案為典型的OTU表或屬水平丰度矩陣，示例如下。

輸入檔案FH_CK.txt

# 安裝需要的包
install.packages("psych")

# 載入包
library(psych)

# 讀取otu-sample矩陣，行為sample，列為otu
otu=read.table("FH_CK.txt", head=T, row.names=1)

# 計算OTU間兩兩相關係數矩陣
# 資料量小時可以用psych包corr.test求相關性矩陣，資料量大時，可應用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要藉助其他函式矯正
occor = corr.test(otu,use="pairwise",method="spearman",adjust="fdr",alpha=0.05)
occor.r = occor$r # 取相關性矩陣R值
occor.p = occor$p # 取相關性矩陣p值

# 確定物種間存在相互作用關係的閾值，將相關性R矩陣內不符合的資料轉換為0
occor.r[occor.p>0.05|abs(occor.r)<0.6] = 0

# 將occor.r儲存為csv檔案
write.csv(occor.r,file="FH_CK_0.05_occor.csv")
 

2. Gephi生成點、邊檔案

從官網https://gephi.org/下載安裝Gephi 0.9.2

開啟Gephi 0.9.2，點選“檔案-開啟”，選擇“FH_CK_0.05_occor.csv”檔案開啟。

點選“下一步”

圖的型別，選擇“無向的”

點選確定後，出現以下頁面：

點選“資料資料”，出現節點和邊的資訊，點選資料表格左上角“節點”，然後點選“輸出表格”，輸出點檔案。點選“邊”，然後點選“輸出表格”，輸出邊檔案。

3. 點、邊檔案註釋

開啟點檔案，可新增物種分類資訊等

開啟邊檔案，可新增正負屬性等：

4. 網路點、邊美化

開啟Gephi檔案，點選“檔案–匯入電子表格”，匯入結點檔案

圖的型別，選擇“無向的”

開啟Gephi檔案，點選“檔案–匯入電子表格”，匯入邊檔案

選擇“Append to existing workspace”

在“概覽”介面的“佈局”中，選擇“Fruchterman Reingold”，點選“執行”，待圖形穩定後，點選“停止”

在“外觀”中，點選“節點”，“顏色”，“Partition”，選擇"Phylum"，點選應用。即以顏色區別不同節點的門分類

在“外觀”中，點選“節點”，“大小”，“Ranking”，選擇"度"，點選應用。即以不同度區別不同節點的大小。如果看不到大小變化，調整最大尺寸，如4變為30

在“外觀”中，點選“邊”，“顏色”，“Partition”，，選擇"pn"，點選應用。即以顏色區分邊的正負。

5. 網路屬性、預覽和標籤

在網路圖右側，統計選項卡中，點選“執行”，可計算網路和節點的引數：

在“預覽”介面，點選“重新整理”，可顯示最終的圖形

可在“預覽設定”中選擇“顯示標籤”，如下圖所示

參考文獻

1. Gephi快速入門指南 https://wenku.baidu.com/view/29328a9f19e8b8f67d1cb92d.html
2. Gephi 入門使用 https://blog.csdn.net/qq_35318838/article/details/79820923
3. Gephi官方幫助 https://gephi.org/users/
4. 一文學會網路分析——Co-occurrence網路圖在R中的實現 https://mp.weixin.qq.com/s/s-Si_s5pk7EF5gueqruBRQ

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