reads count檔案轉化為fasta格式檔案(uniq reads)
在NCBI下載測序資料時有很多是以reads序列 + count數的格式,這種是作者去完接頭並過濾掉低質量reads後的結果。下面實現將reads count格式轉化為fasta格式
cat reads_count.txt
AAACCCGGGTTT 3
ACAAGATTAG 5
TAGACAGA 1
python實現
fw = open('./reads.fas', 'w') s = 0 with open('./reads_count.txt', 'r') as fr: for line in fr.readlines(): s += 1 name = '>ID' +s + '_' + line.strip().split('\t')[1] seq = line.strip().split('\t')[0] fw.write(name + '\n' + seq + '\n') fw.close()
linux實現
awk
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