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scRNA-seq測序的兩種技術[轉載]

轉自:http://www.ebiotrade.com/newsf/2017-9/201795172237350.htm

1.綜述

哈佛大學的兩個團隊將微流體技術引入單細胞RNA-Seq方法中,分別開發出Drop-seq和inDROP。

2015年,這兩種方法發表在同一期的《Cell》雜誌上。它們的出現,讓快速、低成本地分析數千個單細胞的基因活性成為現實。

眾所周知,大腦是一種複雜的結構。它包括近860億個神經元以及數十億個其他型別的細胞。

單細胞的基因表達分析能夠揭開細胞之間的差異,幫助繪製複雜組織的細胞多樣性圖譜。不過,如果每次只分析一個細胞,那顯然不現實。

這兩種技術都利用微流體裝置將帶有條形碼的微珠和細胞一起裝入微小的液滴

這些液滴在一個小型裝置上生成,沿著一根頭髮寬的槽道流動。條形碼附著到每個細胞的一些基因上,因此科學家們可以一次測序所有的基因,追蹤每個基因的來源細胞。

2.Drop-seq

3.In-drop

 Drop-seq的微珠庫中有1600萬個條形碼,而inDrop方法只產生約15萬個條形碼,這意味著它每次執行處理的細胞數較少。不過,當研究人員想分析極少量的組織樣本時,inDrop可能更有優勢。因為它捕獲細胞的比例高於Drop-seq。

4.測序技術比較

 德國慕尼黑大學的研究人員比較了幾種常用的幾種單細胞RNA測序方法,包括Smart-Seq、CEL-Seq、SCRB-seq以及Drop-seq。他們生成並分析了479個小鼠胚胎幹細胞的RNA-Seq資料。

研究人員發現,儘管所有方法的準確性相似,但是Smart-seq的靈敏度最高,CEL-seq最為精確,而SCRB-seq和Drop-seq最為高效。