MyISAM：

優點：查詢資料相對較快，適合大量的select，可以全文索引。

缺點：不支援事務，不支援外來鍵，併發量較小，不適合大量update 

1. 不支援事務，但是每次查詢都是原子的；
2. 只支援表級鎖，即每次操作是對整個表加鎖；讀鎖和寫鎖
3. 儲存表的總行數；
4. 一個MYISAM表有三個檔案：索引檔案、表結構檔案、資料檔案；
5. 採用非聚集索引，索引檔案的資料域儲存指向資料檔案的指標。輔索引與主索引基本一致，但是輔索引不用保證唯一性。
6. MyISAM表不太適合於有大量更新操作和查詢操作，因為，一個程序請求某個MyISAM表的讀鎖，同時另一個程序也請求同一表的寫鎖，MySQL如何處理呢？答案是寫程序先獲得鎖。不僅如此，即使讀請求先到鎖等待佇列，寫請求後到，寫鎖也會插到讀鎖請求之前,這樣在如果有大量的更新操作會造成查詢操作很難獲得讀鎖，從而可能永遠阻塞。
   這種情況有時可能會變得非常糟糕！

InnoDb：

1. 支援ACID的事務，支援事務的四種隔離級別；
2. 支援行級鎖及外來鍵約束：因此可以支援寫併發；InnoDB行鎖是通過給索引項加鎖來實現的，即只有通過索引條件檢索資料，InnoDB才使用行級鎖，否則將使用表鎖！行級鎖在每次獲取鎖和釋放鎖的操作需要消耗比表鎖更多的資源。在InnoDB兩個事務發生死鎖的時候，會計算出每個事務影響的行數，然後回滾行數少的那個事務。當鎖定的場景中不涉及Innodb的時候，innodb是檢測不到的。只能依靠鎖定超時來解決INNODB的行級鎖是有條件的。在where條件沒有使用主鍵時，照樣會鎖全表。比如DELETE FROM mytable這樣的刪除語句
3. 不儲存總行數；兩種引擎在執行select count(*) where *   時所進行的操作是一樣的，都要遍歷整張表
4. 一個InnoDb引擎儲存在一個檔案空間（共享表空間，表大小不受作業系統控制，一個表可能分佈在多個檔案裡），也有可能為多個（設定為獨立表空，表大小受作業系統檔案大小限制，一般為2G），受作業系統檔案大小的限制；
5. 主鍵索引採用聚集索引（索引的資料域儲存資料檔案本身），輔索引的資料域儲存主鍵的值；因此從輔索引查詢資料，需要先通過輔索引找到主鍵值，再訪問輔索引；最好使用自增主鍵，防止插入資料時，為維持B+樹結構，檔案的大調整。
6. InnoDB不支援FULLTEXT型別的索引
7. 對於AUTO_INCREMENT型別的欄位，InnoDB中必須包含只有該欄位的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他欄位一起建立聯合索引
8. 清空整個表時，InnoDB是一行一行的刪除，效率非常慢。MyISAM則會重建表

應用場景

1. MyISAM適合讀密集型的表，而InnoDB適合寫密集型的表
2. 需要鎖定、事務時，InnoDB是更好的選擇
3. 在資料庫做主從分離的情況下，選擇MyISAM引擎作為主庫的儲存引擎 
4. 如果應用程式對查詢效能要求較高，就要使用MYISAM了。MYISAM索引和資料是分開的，而且其索引是壓縮的，可以更好地利用記憶體。所以它的查詢效能明顯優於INNODB。壓縮後的索引也能節約一些磁碟空間。MYISAM擁有全文索引的功能，這可以極大地優化LIKE查詢的效率