今天小編和大家分享如何藉助Python指令碼輕鬆構建cytoscape匯入檔案。Cytoscape是一個非常適合展示各種相互作用關係的視覺化軟體。

具體來說就是可以用於蛋白互作網路的展示，miRNA與蛋白質或者TF與RNA的相互作用等內容的視覺化，是一個生信分析不可或缺的神器。但是當要處理的資料比較多，並且需要根據Cytoscape要求整理資料的時候，會不會整理到眼花？不知道你們會不會，反正小編每次都整理得想吐血~~~

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上一次的利用Cytoscape中展示富集分析的結果教程中，Cytoscape匯入的文字內容大致有圖中的那幾列，

將基因富集後，我們開啟的原始檔案一般如下圖

為了舉例說明，我們僅選取了一個性質，通過分列將gene裡的gene分散到各個單元格里，形成下圖。

具體問題是：將圖1中source，性質和target三類資料轉化為圖2裡的具有一對一關係樣式，原本的解決方法是利用excel的複製橫縱轉化貼上，之後可能還有重新整合起來，太過繁瑣。

不懂程式設計的醫學狗，還幻想用excel的函式，妄想解決上述問題，多次嘗試還是失敗。最後依靠大神大腿，學了用python來解決上述問題。下面和大家分享一下具體步驟。

安裝和環境變數設計

網址：https://www.python.org/doc/

安裝完還不算，必須先設定好python的環境變數（具體什麼東西我一臉懵逼，就知道這個不設定好，錯誤警告！！！）

設定也很簡單：先找到你你python的安裝路徑，

然後根據一下箭頭指示操作

在最後一個編輯系統變數裡面，在原來的變數值後面加入“;+python的路徑”（這裡的分號:，必須是半形下的分號）

建立文字和檔案儲存

在安裝好python以及設計好變數環境後，建立一個文字，改字尾為.py用於存python程式碼以及一個.txt文字用於存資料。

其中data2.txt裡面的資料應該是下圖所顯示那樣，具體拓展看文末，

之後開啟，cmd，

先確定剛剛.py和資料檔案data.txt所在資料夾。

在命令框裡，進入後默認出現1框所出現的，在1框後輸入cd+檔案儲存位置

將索引引到檔案儲存位置，才可以進行下一步分析

資料轉換

然後動動手指按下“python xxx.py”,然後就出現了一個out.txt

開啟，看下，刺激不刺激，幸福不幸福！這樣就解決了上次的困擾了，希望對大家有幫助。這個事情告訴我們，有個會懂程式碼的同學是個多麼好的體驗，睡覺都能笑醒！！！！

程式碼分析和拓展

1、程式碼如下

coding: utf-8
開啟data2.txt
input = open("data2.txt", 'r')

output = open("out.txt",'w')

while True:

line = input.readline()

if not line: #檔案讀完退出

break;

line = line.strip().split(' ')

#print(line)

for i in line[2:]:

if not i:

continue

else:

output.write(line[0] + ' ' + line[1] + ' ' + i + '

')

input.close()

output.close()

（’ ’代表excel表裡一個空格，’

’是換位，靠i迴圈。

for i in line[2:]裡的line[2:]是用來定迴圈起點）



<p><strong>2、程式碼拓展</strong></p>

<p>上面這個程式碼的關鍵在與</p>

<p><strong>output.write(line[0] + ' ' + line[1] + ' ' + i + ' ')</strong>這一步，一般不需要更改其餘的引數，通過下面幾個圖來感受下修改後的變化。（這個程式碼可以拓展，拓展什麼樣靠自己的想象力了下面我就展示他可伸縮的性質）</p>

<p><strong>加法：（構建具有更多性質屬性的輸入檔案）</strong></p>

<pre>
    output.write(line[0] + '    ' + line[1] +’  ’+line[2]+ '    ' + i + '
')


 
公式改變處用紅色標明，可以看出這次輸出的檔案，在原先的基礎之上，出現了第三列這一列，也就意味著第三列的輸出資訊是’ ’+line[2]所表示的。之前說了，line[2]中2是定位的，我們看下我們最先需要處理的資料來源。

 
Line[X]中X的順序是從0開始的，也就是說line[0]代表A列，line[2]代表C列。
減法：（刪減輸入性質的檔案）
output.write(line[0] + '    ' + i + '
')



<p><img alt="掌握這個Python小技巧，輕鬆構建cytoscape匯入檔案" class="has" src="http://p99.pstatp.com/large/pgc-image/bfa186b3123445fc9d9685d137611054" /></p>

<p> </p>

<p>同樣我們刪去了' ' + line[1]，也就是把line[1]代表的源資料B列給去掉。</p>

<p>根據以上的稍微改動，對於處理這類資料，通過對這段迴圈語句稍微改動</p>

<pre>
 #print(line)
 for i in line[X:]:
 if not i:
 continue
 else:
 output.write(line[0] + '   ' + line[1] + ' ' + i + '
')

即通過對x的賦值，結合我們的需要，定好合適的起點就對這個指令碼有了全面的瞭解了。
這個程式碼是開源的，對於將david，bingo外掛等富集分析的輸出檔案轉化成符合cytoscape輸入格式是非常便利省時的，不需要什麼程式設計的底子，零基礎快速掌握一個python小技巧達到構建配置檔案的目的。
來源：https://blog.csdn.net/sinat_38682860/article/details/85636619