序列下載與整理

下載fasta格式序列

• 輸入你想查詢的序列，比如Syp基因
  

• 進入基因詳細資訊頁面
  

• 點選Genbank
  

• 如圖所示可以下載到fasta格式的序列，注意這裡下載的是基因或者蛋白質的全序列
  

• 假如你希望得到promoter的基因，可以在如圖所示的位置輸入起始位點和終止位點

  • 一般promoter的位點不確定，可以通過將起始位點左右2kb基因視為promoter
  • 比如：如圖起始位點為7638580，那麼起始位點要減500，終止位點加1499，這時需要在from輸入7638080，to輸入7640079（得到長度為2kb的序列）
  • 點選Update view 按鈕
  • 然後和同上一步下載fasta序列
    

合併多個fasta檔案

• 下載多個序列後，我們將下載的序列整理到特定資料夾下，比如D:\Download\fasta_files，就像這樣：
  
• 你的fasta_files資料夾裡應該是這樣的
  

• 返回D:\Download路徑下，在資料夾空白地方Shift+右鍵，點選在此處開啟命令視窗
  

• 輸入

  type fasta_files\*.fasta > all_sequence.fasta

  

• 現在，在你的資料夾下應該類似這樣的：
  
• 得到整合檔案 all_sequence.fasta（這個檔案也可以通過記事本開啟，下面軟體為UE）
  

多序列比對

Clustalw，Clustalx 與 MEGA的下載安裝

序列比對

• 開啟MEGA，進入序列比對分析
  

• 載入fasta序列
  

• 使用Clustalw 比對序列，引數預設點OK
  

• 跑出來的結果需要編輯第一列只留下物種名，序列去掉5’,3’端的空序列（因為要比對序列同源性，最好把顯示 - 的序列去掉，使多序列的兩端整齊，類似矩陣）
  

• 匯出fasta格式和MEGA格式兩種格式
  

• 開啟Clustalx 載入剛剛比對完的fasta格式（注意是比對完的，檔案字尾名為.fas）
  

• 匯出視覺化檔案，引數預設點OK
  

• 得到視覺化的多序列比對結果，開啟類似這樣（開啟用到的軟體為Adobe Acrobat）
  

進化樹分析

• 開啟MEGA，載入meg檔案
  

• 引數設定（這裡是核酸序列）
  

• 得到進化樹
  

• 匯出與美化
  

保守位點分析

• 上傳fasta序列（這裡的序列是整合後的檔案，檔案字尾.fasta）,並輸入引數（這裡設定motif為10）
  

• 得到保守位點分析結果