16S是指16S rDNA（或16S rRNA），16S rRNA 基因是編碼原核生物核糖體小亞基的基因，長度約1542bp，包括9個可變區和10個保守區，保守區序列反映了物種間的親緣關係，而可變區序列則能反映物種間的差異。

qiime分為三大部分：
1.核心程式：uclust  ,pynast,blast等；
2.指令碼：check_id_map.py ,split_libraries.py(454測序)/split_library_fasta.py(ion torrent,illumina測序）等；
3.流程 ：pick_open_reference_otus.py , core_diversity_analyses.py等。
 
資料處理
1.join_paired_ends.py  將pairend reads 連線起來
2.check_id_map.py 檢查建立的mapping.txt檔案有沒有錯誤
3.identify_chimeric_seqs.py 去除嵌合體
4.split_libraries.py 利用barcode分離樣品與資料過濾
5.count_seqs.py 統計檔案OTU聚類
1.pick_otus.py——從fasta檔案中提取OTUs，提取方法有cd-hit ,blast ,Mothur，usearch。
2.make_otu_table.py——將提取出的OTUs製作成out_table,即.biom檔案。
 
3.assign_taxonomy.py——使用reference中的reference_seqs和taxonomy檔案對序列分類。
4.biom add-metadata——將taxa資料加入到,biom檔案
biom summarize 統計otu
biom convert 格式轉換多樣性分析
1.single_rarefaction.py——隨機抽樣
2.beta_diversity.py——beta分析
3.principal_coordinates.py——pCoA圖形化
4.alpha_diversity.py——alpha多樣性
5.summarize_taxa.py ——物種分類統計
 
系統發育分析
1.align-seqs.py
2.filter_alignment.py
3.filter_fasta.py
4.make_phylogeny.py繪圖類
make_emperor.py
plot_taxa_summary.py
beta_diversity_through.py
categorized_dist_scatterplot.py
make_2d_plots.py
make_distance_boxplots.py
make_distance_comparison_plots.py
make_rarefaction_plots.py
plot_rank_abundance_graph.py
plot_semivariogram.py
plot_taxa-summary.py
quality_scores_plot.py
summarize_taxa_through_plots.py