作業2-1：矩陣協方差
備註：待親手實驗
講評：
（1）編譯器引數：
改makefile
1.降精度 -O3：精度誤差累加可能會出錯
2.xHost：intel編譯優化，告訴編譯器生成編譯主機處理器上可用的最高指令集的指令。無腦加就行。
3.開向量模組（intel編譯器）
修改過的makefile
FC=ifort LD= ifort FFLAGS= -qopenmp -mcmodel=large -O3 -xHost //增加 -O3 -xHost main.b: main.o Covariance1.o Covariance.o check.o ${FC} ${FFLAGS} main.o Covariance1.o Covariance.o check.o-o main.b main.o: main.f90 ${FC} ${FFLAGS} -c main.f90 Covariance1.o: Covariance1.f90 ${FC} ${FFLAGS} -c Covariance1.f90 Covariance.o: Covariance.f90 ${FC} ${FFLAGS} -c Covariance.f90 check.o: check.f90 ${FC} ${FFLAGS} -c check.f90 clean: rm -rf *.o *.i main
（2）改程式碼
1.函式inline可以跨檔案，直接拷過來
2.fortran：列優先，若程式碼為行邏輯則考慮先矩陣轉置（可並行可分塊，按cache層）；
fortran語言：先宣告，後申請空間（陣列），然後才是語句
修改後converiance程式碼SUBROUTINE FindCOV(NVAR, NROW, NV, M1Type, COV)
IMPLICIT NONE INTEGER, INTENT(IN) :: NVAR !Number of variables INTEGER, INTENT(IN) :: NROW!Number of rows in MType INTEGER, INTENT(IN) :: NV !Number of cals in MType REAL*8, INTENT(IN) :: M1Type(NVAR, NROW) !Data used to calculate covariance REAL*8, INTENT(INOUT) :: COV(NVAR, NV) !Covariance matrix, output INTEGER :: IVar1 INTEGER :: IVar2 INTEGER :: I2 REAL*8, ALLOCATABLE::MType(:, :)//陣列宣告 REAL*8,EXTERNAL :: Covariance ALLOCATE(MType(NROW, NVAR))//陣列申空間 !$OMP PARALLEL DO private(IVar1,IVar2) shared(M1Type, MType) schedule(guided) //並行，每個並行塊都要寫 DO IVar1 = 1, NVAR//陣列轉置 DO IVar2 = 1, NROW MType(IVar1, IVar2) = M1Type(IVar2, IVar1) ENDDO ENDDO !$OMP END PARALLEL DO !$OMP PARALLEL DO private(IVar1,IVar2,I2) shared(NVAR,COV,MType) schedule(guided) //並行 加排程引數 DO IVar1 = 1, NVAR DO IVar2 = 1, NV I2 = mod(IVar1 + IVar2 - 1, NVAR) + 1 COV(IVar1, IVar2) = Covariance(NROW, MType(:,IVar1), MType(:,I2))//正確遍歷：列優先
//fortran冒號：隱含遍歷
ENDDO ENDDO !$OMP END PARALLEL DO RETURN END SUBROUTINE FindCOV !DEC$ ATTRIBUTES FORCEINLINE :: Covariance REAL*8 FUNCTION Covariance(NObs, X1, X2) IMPLICIT NONE INTEGER, INTENT(IN) :: NObs REAL*8, INTENT(IN) :: X1(NObs) REAL*8, INTENT(IN) :: X2(NObs) INTEGER :: IObs, NumMissing REAL*8 :: MeanX1, MeanX2 LOGICAL :: IsMissingPheno//將外面的函式拷進來，刪掉external，一開始把external的函式忽略了。。 NumMissing=0 MeanX1=0.0 MeanX2=0.0 Covariance=0.0 !!$OMP PARALLEL DO private(Iobs) shared(Covariance, X1, X2, NObs) schedule(guided) DO IObs=1, NObs IF(ISNAN(X1(IObs)) .OR. & //IsMissngPheno的展開 ISNAN(X2(IObs)) .OR. & ABS(X1(IObs)-65.0) .LE. 1.e-03 .OR. ABS(X2(IObs)-65.0) .LE. 1.e-03) THEN NumMissing=NumMissing+1 ELSE MeanX1=MeanX1+X1(IObs) MeanX2=MeanX2+X2(IObs) Covariance=Covariance+X1(IObs)*X2(IObs) ENDIF ENDDO !!$OMP END PARALLEL DO MeanX1=MeanX1/(NObs-NumMissing) MeanX2=MeanX2/(NObs-NumMissing) IF(NObs-NumMissing .LE. 0) THEN Covariance=0.0 ELSE Covariance=Covariance/(NObs-NumMissing)-MeanX1*MeanX2 ENDIF RETURN END FUNCTION Covariance
經過：
（1）將本地檔案傳到伺服器：使用pscp顯示unreachable。下載xshell 使用rz傳：
https://blog.csdn.net/weixin_37909391/article/details/80530575
下載完xshell覺得很好看，我要捨棄putty了。
（2）解壓zip：unzip+名字
https://www.cnblogs.com/zdz8207/p/3765604.html
（3）執行，需要編譯。f90是fortran，需要ifort編譯。
按ifort：伺服器上有
使用命令： module load intel/2017.6.064 （module：環境模組 http://blog.sciencenet.cn/blog-468005-920774.html）
如何編譯：http://blog.sciencenet.cn/blog-1982759-890635.html ：
1.直接生成可執行檔案 假如我們手頭上有一個intel的fortran編譯器進行編譯，就要採用如下命令： ifort global.f90 main.f90 function1.f90 subrouine1.f90 這樣會自動生成檔案a.out，這是一個可執行檔案。 如果想讓生成的可執行程式有一個名字，將命令改成 ifort -o execname global.f90 main.f90 function1.f90 subrouine1.f90 即可。 輸入命令 ./execname 即可執行該程式。
這個題的readme寫了直接make就行。一開始make報錯是因為沒有load ifort，load完直接make就可以了。執行要等好久，我還以為卡了。。
（4）安裝VTune：
教程：https://blog.csdn.net/WY_stutdy/article/details/79106501
註冊試用版最多需要兩天，還要等。