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RNA-seq 相關概念

RNA-Seq
轉錄組(transcriptome)
RNA種類
可變剪下體(Alternative splicing isoform)
junction reads
Read count
RPKM
FPKM

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RNA-seq 相關概念

RNA-Seq

具體來說，首先對生物樣品中的RNA反轉錄為cDNA，而後，將這些cDNA打碎為較小片段後，上機進行測序

轉錄組(transcriptome)

是指特定型別細胞中全體轉錄本(transcript)的集合

RNA種類

RNA	explanation
coding RNA：mRNA	信使RNA
noncoding RNA：rRNA	核糖體RNA（ribosomalRNA）
noncoding RNA：tRNA	轉移RNA（transferRNA）
noncoding RNA：snRNA	小核RNA(small nuclearRNA）
noncoding RNA：snoRNA	最早在核仁發現的小RNA，稱作小核仁RNA
noncoding RNA：asRNA	反義antisense RNA 是一類能夠與mRNA互補配對的單鏈RNA分子。細胞中引入反義RNA，可與mRNA發生互補配對，抑制mRNA的翻譯
noncoding RNA：lincRNA	長鏈非編碼RNA，長度大於200個核苷酸的一類非蛋白質編碼轉錄物
noncoding RNA：miRNA	microRNA，長度小於50nt
noncoding RNA：siRNA	Small interfering RNA，25nt左右的雙鏈RNA
noncoding RNA：piRNA	與Piwi蛋白相作用的RNA，長度小於50nt

轉錄組背景知識

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轉錄組入門(4)：了解參考基因組及基因註釋

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轉錄組中實驗設計的相關問題

改善多少重復 nbsp 做了 strong 深度相關 fff 1.單端測序還是雙端測序 2.測序的讀長是多少 3.是否建立鏈特異性庫 4.需要多少的測序數據量（即測序深度是多少） 5.設置多少個生物學重復比較好 6.如果我們做了生物學重復還要做技術重復

前言轉錄組

部分陣列推斷 void 相同所有 start 組成 oid 轉錄組　　轉錄組（Transcriptome），廣義上指在相同環境（或生理條件）下的一個細胞、或一群細胞中所能轉錄出的所有RNA的總和，包括信使RNA（mRNA）、核糖體RNA（rRNA）、轉運RN

aiway轉錄組pipline

finish .sh nbsp 分享圖片 bubuko san load info 配置一）安裝流程軟件下載軟件，配置環境變量，這裏不做介紹二)下載原始數據 2.1）建SRR_Acc_List.txt文件放置將要下載的SRR號(https://www.ncbi.nl

120分的轉錄組試題和答案

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